为了促进生命科学与生物信息学的学科交叉，帮助我校师生尤其是研究生新生利用生物信息学技术更好地开展科学研究，前沿交叉研究院生物信息学中心计划举办系列相关培训。近期，在江苏省遗传学会的支持下，中心邀请在全基因组关联分析、分子进化分析、深度学习及大模型等领域具有丰富经验的一线科研人员主讲，结合具体实例深入详细地开展培训，欢迎有兴趣的老师和研究生报名参加。
本次培训名额有限，校内青年教师、博后及生信平台正常用户优先。
一、培训内容及安排
培训一：高性能计算平台使用培训
培训时间：12月10日下午14：00-16：30
培训费用：免费
培训地点：滨江校区
培训内容：
1. 高性能计算平台基础知识介绍
2. Linux操作零基础入门
3. 了解南京农业大学超算平台
4. 远程环境配置及日常Linux工具学习
5. 生信工具conda的安装与使用学习
6. 环境变量学习与便捷使用
7. 使用LSF提交作业
主讲人：
朱志涛，南京农业大学前沿交叉研究院生物信息学中心超算平台管理员，专注于高性能计算与生物信息学的交叉领域。拥有丰富的超算平台管理经验，熟悉生物信息学数据分析流程所需相关工具安装调试，致力于为科研团队提供高效可靠的计算支持。
培训二：全基因组关联分析培训
培训时间：12月12日下午14：00-17：00
培训费用：200元/人
培训地点：滨江校区
培训内容：
1. GALA第三代测序基因组组装
a) 常见组装软件canu，flye，wtdbg2，hifiasm使用
b) GALA单染色体组装
2. 关联分析
a) 二代测序变异识别
b) Plink 常见基因型数据处理
c) Gemma 关联分析
d) 关联分析结果数据常见分析与可视化
主讲人：
甘祥超，教授、博士生导师。香港城市大学电子工程博士，曾任牛津大学惠尔康人类遗传学中心遗传学统计师，德国马普植物育种研究所研究组组长(PI)。主要从事大数据分析及基因组学的研究，利用人工智能技术和统计学框架开发智能设计育种的底盘技术。以一作或通讯作者在Nature，Nature Plants, Nature Communications, IEEE T-PAMI等刊物上发表论文多篇, 发布开源软件及网络数据库7项，主持了国家自然科学基金及农业生物育种重大专项课题。
培训三：进化及比较基因组学分析
培训时间：12月13日下午14：00-17：00
培训费用：200元/人
培训地点：滨江校区
培训内容：
1. 基因家族（Orthogroup）划分
2. 系统发育学分析
3. 分子钟（分歧时间）分析
4. 全基因组复制分析
主讲人：
薛佳宇，南京农业大学前沿交叉研究院/园艺学院副教授，硕士生导师。本科（2005年）与博士（2010年）均毕业于南京大学生命科学院，获生物学学士和博士学位，博士期间公派至美国密歇根大学生态与进化生物学系联合培养。先后在南京大学、江苏省中科院植物研究所工作，2020年加入南京农业大学，与Yves Van de Peer教授共同建立“植物进化基因组学”研究团队。
主要研究方向为生物信息学和进化基因组学，主要研究对象为陆地植物、观赏植物和药用植物，针对1）植物从水生环境向陆生环境的登陆；2，被子植物的起源和早期分化；3）花器官建成的网络调控；4）药用植物代谢通路解析等方向开展研究工作。致力于用基因组数据来研究陆地植物类群间的系统发育关系、基因组进化和结构变异、植物观赏与代谢特征的演化，希望通过对基因组大数据的分析，建立与宏观表型特征之间的联系，发掘表型背后的分子机制。相关研究以第一作者或通讯作者（含共同）发表于Nature Communications、The Innovation、Trends in Plant Science、Acta Pharmaceutica Sinica B、The Plant Journal、Plant Physiology、Horticulture Research等专业期刊。
培训四：基因组群体分析培训
培训时间：12月16日下午14：00-17：00
培训费用：200元/人
培训地点：滨江校区
培训内容：
1. 群体基因组分析背景简介
2. 常用软件、文件格式介绍
3. Pi值、Dxy dN/dS和LD等参数的评估
4. PCA, Phylogeny构建
5. Selective sweep检测
对群体基因组分析的基本知识做入门介绍。从分析环境，主要软件、文件格式入手，介绍常见的植物基因组群体多态性分析手段，包括pi值、Dxy 和LD等参数的计算，检测Selective sweep等群体分析。
主讲人：
黄驹，副教授，硕士生导师。南京大学生物学博士。从事植物基因家族功能演化和群体基因组分析方面的研究，以第一、共同第一或通讯作者在Nature，Nature Ecology & Evolution，PNAS，Plant Physiology，New Phytologist等期刊发表多篇论文。
培训五：微生物宏基因组培训
培训时间：12月18日下午13：30-17：00
培训费用：200元/人
培训地点：滨江校区
培训内容：
1. 数据质控和去宿主污染
2. 物种注释
3. 数据拼接、基因库构建和基因定量
4. 基因功能注释
5. 物种和功能差异比较
6. 数据分箱（Binning）
7. 分箱数据（Bins）的物种鉴定及丰度比较
主讲人：
沈宏，副教授，硕士生导师。2012年于德国洪堡大学获得博士学位，2012-2014年于德国斯图加特自然历史博物馆任助理研究员，现任南京农业大学前沿交叉研究院生信中心副教授，主要从事反刍动物肠道微生物代谢调控，肠道微生物资源挖掘相关研究，以第一作者和通讯作者在Microbiome和Animal Nutrition等杂志发表SCI论文15篇。
培训六：前沿单细胞与空间组学技术在植物研究中的应用
培训时间：12月19日上午8：00-17：00
培训费用：400元/人
培训地点：滨江校区
培训内容：
近年来，单细胞与空间组学技术的迅猛发展为植物研究带来了新的突破，为理解植物生物学中的复杂性和多样性提供了前所未有的高分辨率视角。本次培训将结合理论介绍和实际操作，聚焦前沿单细胞与空间组学技术在植物研究中的应用，从以下四个方面展开深入探讨：
1. 单细胞组学技术在植物中的应用：从细胞类型鉴定到生物学过程解析；
2. 空间转录组学技术在植物研究中的发展：从植物组织图谱构建到空间基因表达分析；
3. 植物单细胞与空间组学数据整合；
4. 植物单细胞与空间组学数据分析实践。
主讲人：
陈迪俊，博士生导师，南京大学副教授、江苏省特聘教授、南京大学登峰B人才支持计划入选者。现为南京大学生命科学学院医药生物技术全国重点实验室PI、生物系副主任。担任iMeta杂志执行副主编、JGG杂志青年编委、欧洲国家项目评审专家、教育部“101计划”《生物信息学》核心课程建设专家、理论教材编委、实验教材执行主编。2003-2008年在哈尔滨医科大学获得生物信息学学士学位，2010-2012年在华中农业大学获得硕士学位，2017年在德国IPK研究所从事研究并获德国哈雷-维滕贝格大学博士学位，后在波茨坦大学和洪堡大学从事博士后研究工作。主要研究方向是功能基因组学和人工智能生物学，共发表学术论文70余篇，其中以第一或者通讯（含共同）作者在Science Advance、Nature Communications （6篇）、Nature Plants、Nature Neuroscience等主流期刊发表论文30余篇，Google H指数为37。
培训七：深度学习与大模型基础
培训时间：12月20日12月20日上午8：00-17：00
培训费用：400元/人
培训地点：滨江校区
培训内容：
近年来，大数据科学和人工智能领域新技术层出不穷，极大地推动了生物多组学数据整合与挖掘、复杂生物系统建模、药物筛选与设计等多个领域的创新与发展。本次培训聚焦深度学习与大模型，从以下四个方面探讨前沿技术或工具：
1. 机器学习基础与入门；
2. 深度学习模型及原理；
3. 大语言模型介绍；
4. 建模环境配置与练习。
主讲人：
计智伟，教授，博士生导师，于2020年8月以海外高层次引进人才加盟南京农业大学人工智能学院。数据科学与智能计算研究中心（Center for Data Science and Intelligent Computing, CDSIC）负责人。智能科学与技术博士点学术带头人。数据科学与大数据技术本科专业负责人。
计博士于2016年在同济大学计算机系获得“模式识别与智能系统”专业的博士学位，导师黄德双教授 (IEEE Fellow, IAPR Fellow, AAIA Fellow)。2013年5月-2015年6月，在美国维克森林大学任研究员。2016年9月-2019年2月，分别在维克森林大学和得克萨斯大学做博士后，合作导师：Xiaobo Zhou (AIMBE Fellow, ACMI Fellow)。2019年3月-2020年7月，在得克萨斯大学晋升为助理教授。
计博士的研究兴趣包括：大数据智能计算，人工智能与模式识别，生物信息与系统生物学。回国以来，主持国家级、省部级等项目共7项。在相关领域重要学术期刊，Nucleic Acids Research (2024), Briefings in Bioinformatics (2024, 2023), Cell Death & Disease (2022), PLoS Computational Biology (2019), IEEE TII (2021), IEEE TSMC (2019), Expert Systems with Applications (2024, 2022), Knowledge-based Systems (2021), Neural Networks (2024), IEEE TCBB (2022, 2021, 2020)，共发表SCI论文近60篇，谷歌他引2700多次，H指数30。合作出版专著2部。申请/授权中国发明专利5项。获批软件著作权2项。长期受邀担任TKDE, TSMC, TII, TGRS, TBD, BIB, ESWA, AEI, EAAI, ISWA, KBS, BSPC, CVPR, ICDM和BIBM等国际知名期刊和会议的同行评审专家、编委或副主编。
二、培训注册：
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三、培训联系方式：
联系人：段老师13770919141、朱老师18551760304
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