发布时间：2023-02-20 发布人： 浏览次数：

1.使用Anaconda（miniconda）安装软件。（推荐）

 1.1 根据个人需求下载conda版本

    Anaconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载

    Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载

    主要集群是Linux_x86架构，下载的安装包需为Miniconda3-XXX-Linux-x86_64.sh格式

 1.2 安装conda至个人目录

1.3 加载conda环境变量使conda生效

  假设这边的安装路径为/gss1/home/zzt02/app/miniconda3 则在该目录下有文件etc/profile.d/conda.sh 即/gss1/home/zzt02/app/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh

  加载环境变量命令 source  /gss1/home/zzt02/app/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh

  使得conda环境变量永久生效  echo "source  /gss1/home/zzt02/app/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc

1.4 使用conda安装软件

   1.4.1 搜索想要安装的软件 https://anaconda.org/search

   1.4.2 创建以软件命名的虚拟环境 注：虚拟环境不要出现中文、特殊符号，以软件bwa为例建议命名为bwa_v0.7.17

      conda create -n bwa_v0.7.17

   1.4.3 进入创建的虚拟环境，安装软件

      conda activate bwa_v0.7.17

      conda install -c bioconda bwa #(如果想要安装指定版本则 conda install -c bioconda bwa=版本号)

      完整安装视频

   1.4.4 安装完成，写成环境变量文件（参考 https://bic.njau.edu.cn/jspt/hjbl.htm ）

2. 源码编译安装 #(软件不同源码编译方式不一样，具体以软件官方手册为准)

  2.1 下载源码

    git clone https://github.com/lh3/bwa.git

  2.2 编译

    cd bwa

    make