团队成员
发布时间：2021-05-18 发布人： 浏览次数：
Yves Van de Peer（YVdP）教授。于1996年在比利时安特卫普大学获得博士学位。在德国康斯坦茨大学（University of Konstanz）获得Axel Meyer的博士后奖学金后，于2000年被聘于根特大学（VIB）（植物系统生物学系）的组长，并于2001年被聘为根特大学的副教授, 在2008年晋升正教授。他所领导的研究团队被认为是国际一流水平基因组分析专业团队，专门研究（植物）基因组的结构和进化。由于在基因预测，基因组注释和基因组分析方面的独特的专业知识和经验，该研究团队一直参与许多国际基因组项目。 YVdP对基因和基因组复制的研究以及复制后新基因功能的进化特别感兴趣。 至今发表了450多篇论文，其中许多在高知名度的期刊上，例如Nature、Nature Genetics、Nature Plants、Science、PNAS、Genome Research, Plant Cell等。 YVdP的H指数> 100，他的工作被引用超过60,000次，并且连续多年一直是高被引科学家。 2013年，YVdP获得了ERC高级资助，题为“ DOUBLE-UP：基因组复制对天然和人工生物种群的进化意义”，并在2018年获得了另一项题为“ DOUBLE-TROUBLE：重播生命的“基因组复制”磁带：在压力或变化的环境中多倍体的适应潜力”。 YVdP是两年一次的国际植物基因组进化国际会议的组织者和主席。该会议于2011年，2013年，2015年，2017年和2019年举行，此外YVdP还在2019年于比利时根特举办了每三年一次的国际多倍体会议。 YVdP是比利时皇家法兰德斯科学院院士，并担任五种国际期刊（Plant Journal、PeerJ、Gnome Biology and Evolution，Current Plant Biology，Frontiers In Genetics）的副主编。 YVdP还是中国南京农业大学园艺学院以及南非比勒陀利亚大学生物化学、遗传学和微生物学系的兼职教授。
YVdP于2020年1月接受南京农业大学的邀请，担任园艺学院的兼职教授，在南京农业大学建立课题组。新课题组力争在基因组组装、注释和基因预测方面有所建树，成为比较与进化基因组学研究的卓越团队。该团队的研究也将涉及物-病原的相互作用、中草药植物基因组学以及植物进化发育基因组学的相关内容。
薛佳宇个人简历
研究兴趣：
研究方向为生物信息学和进化基因组学，主要研究对象为陆地植物、观赏植物和药用植物，利用多组学大数据针对（1）植物从水生环境向陆生环境的登陆；（2）被子植物的起源和早期分化；（3）花器官建成的网络调控；（4）药用植物代谢通路解析等方向开展研究工作。致力于用基因组学数据来研究陆地植物类群间的系统发育关系、基因组进化和结构变异、植物观赏与代谢特征的演化，希望通过对基因组数据的分析，建立与宏观表型特征之间的联系，发掘表型背后的分子机制。
教授课程：
药用植物学（本科必修）、分子生物学（本科选修）、植物基因组学与分子进化（本科选修）、药用植物分子生物学技术（研究生选修）
学习经历：
2007.9-2010.6 南京大学 生命科学院 博士 （生物学）
2007.9-2009.9 美国密歇根大学 生态与进化生物学系 联合培养博士
2005.9-2007.8 南京大学 生命科学院 硕士 （植物学）
2001.9-2005.6 南京大学 生命科学院 学士 （生物学）
工作经历：
2020.9 至今 南京农业大学 园艺学院/前沿交叉研究院 副教授
2018.8-2019.7 比利时根特大学 访问学者
2014.7-2020.9 江苏省中国科学院植物研究所 助理研究员/副研究员
2010.7-2014.6 南京大学 生命科学院 博士后/助理研究员
学术兼职：
1. 2014.7-2022.12 江苏省植物学会青年工作委员会 委员/秘书
2. 2019.6-2020.3 Frontiers in Ecology & Evolution 客座编辑
3. 2019.6-至今 Frontiers in Genetics 副主编
4. 2022.2-至今 Tropical Plants 副主编
5. 2022.10-至今 Horticulturae 编委
任The Plant Journal、Plant Biotechnology Journal、Horticulture Research、New Phytologist、Plant Diversity、Journal of Systematics and Evolution等期刊审稿人
承担科研项目：
1. 中国石油天然气股份有限公司勘探开发研究院项目，石油微生物全基因组高通量测序和分析，2022.1-2022.10，27万元，已结题，主持
2. 现代古生物学和地层学国家重点实验室（中国科学院南京地质古生物研究所）开放课题基金项目，早期被子植物的线粒体系统发育基因组学及分子钟研究，2021.7-2023.6，7万元，进行中，主持
3. 江苏省植物资源研究与利用重点实验室项目，KSPKLB201835，结合系统性误差分析的主要被子植物线粒体系统发育基因组学研究，2018.9-2020.9，10万元，已结题，主持
4. 深圳市南亚热带植物多样性重点实验室开放基金项目，植物抗病“助手”型NBS-LRR基因的分子演化与遗传变异研究，2018.7-2020.7，5万元，已结题，主持
5. 国家自然科学基金青年项目，31500191，保守型植物抗病基因——XTNX类基因的起源及演化研究，2016.01-2018.12，24.8万元，已结题，参与
6. 国家自然科学基金青年项目，31400201，植物RPW8-NBS-LRR类抗病信号传导基因的起源、演化及功能化机制，2015.01-2017.12，25万元，已结题，参与
7. 国家自然科学基金青年项目，31300190，被子植物NBS-LRR基因型抗病基因的演化研究，2014.1-2016.12，23万元，已结题，主持
8. 江苏省自然科学基金青年项目，BK20130565，CC-NBS-LRR型抗病基因在被子植物中的多样性扩张与功能演化研究，2013.7-2016.6，20万元，已结题，主持
9. 国家自然科学基金重大研究计划，91231102，野生大豆适应不同病原环境的微进化过程与多基因作用机制，2013.1-2015.12，100万元，已结题，参与
10. 国家自然科学基金面上项目，31170210，rsv1抗病基因位点在多个豆科植物中的结构差异与功能化机制，2012.01-2015.12，72万元，已结题，参与
11. 中国博士后科学基金面上项目第49批，20110491392，陆地植物NBS-LRR型基因的起源与早期演化的分子机制，2011.4-2012.6，3万元，已结题，主持
12. 美国国家自然科学基金项目，ATOL: Assembling the Liverwort Tree of Life: a Window into the Evolution and Diversification of Early Land Plants，DEB 0531689 $435,543 2005-2010，参与
13. 美国国家自然科学基金项目，ATOL: The Angiosperm Tree of Life: Resolving the Trunk of the Tree and 12 of its Thorniest Nodes，DEB 0431239 $244,948 2004-2009，参与
报告：
1. “木槿属基因组演化及花器官演化的分子基础”, 第六届芙蓉国际研讨会议, 成都, 2023
2. “The Saururus chinensis genome provides insights into the evolution of pollination strategies and herbaceousness in magnoliids”, 第一届国际热带植物学术会议, 三亚, 2023
3. “被子植物早期分化类群的系统发育基因组学研究”, 受邀报告, 中国科学院南京地质古生物研究所, 南京, 2021
4. “Mitochondrial genes from eighteen angiosperms fill sampling gaps for phylogenomic inferences of the early diversification of flowering plants”, 全国系统与进化植物学研讨会暨第十四届青年学术研讨会, 西双版纳, 2020
5. “被子植物的线粒体系统发育基因组学研究”，江苏省植物学会年会, 徐州, 2019
6. “被子植物NBS-LRR型抗病基因的演化”, 中科院植物园2016年度工作会议暨学术论坛, 武汉, 2016
7. “植物KCS基因的演化与十字花科的芥酸合成”, 江苏省植物学会学术年会, 苏州, 2015
8. “The evolution of plant NBS-LRR disease resistance genes in angiosperms”, 第五届国际植物园协会亚洲分会暨东亚植物园网络会议, 南京, 2014
科研论文：（共同第一作者#，通讯作者*）
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2. Tang Q, Zhou GC, Liu SJ, Li W, Wang YL, Xu GY, Li TF, Meng GQ*, Xue JY*. 2023. Selection and Validation of Reference Genes for qRT-PCR Analysis of Gene Expression in Tropaeolum majus (Nasturtium). Horticulturae 9(11), 1176.
3. Xue JY#, Fan HY #, Zeng Z #, Zhou YH, Hu SY, Li SX, Cheng YJ, Meng XR, Chen F*, Shao ZQ*, Van de Peer Y*. 2023. Comprehensive regulatory networks for tomato organ development based on the genome and RNAome of MicroTom tomato. Horticulture Research. 10(9):uhad147.
4. Xiang KL, Wu SD, Lian L, He WC, Peng D, Peng HW, Zhang XN, Li HL, Xue JY, Shan HY, Xu GX, Liu Y, Wu ZQ, Wang W. 2023. Genomic data and ecological niche modeling reveal an unusually slow rate of molecular evolution in the Cretaceous Eupteleaceae. Science China Life Sciences. doi: 10.1007/s11427-023-2448-x.
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8. Zhou W, Wang C, Hao X, Chen F, Huang Q, Liu T, Xu J, Guo S, Liao B, Liu Z, Feng Y, Wang Y, Liao P, Xue JY, Shi M, Maoz I, Kai G. 2024. A chromosome-level genome assembly of anesthetic drug-producing Anisodus acutangulus provides insights into its evolution and the biosynthesis of tropane alkaloids. Plant Communications. 5(1):100680.
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10. Li W#, Huang XC#, Wang YL, Zhang RJ, Shi DY, Li TF, Zhou GC*, Xue JY*. 2022. Plastid Phylogenomics of Paeonia and the Evolution of Ten Flower Types in Tree Peony. Genes. 13, 2229.
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12. Xue JY, Wang MQ, Song TQ, Zhou GC, Li Z, Van de Peer Y, Chen F, Zhang L, Cox C, Liu Y*, Wang Q*, Hang YY*. 2022. Mitochondrial genes from 18 angiosperms fill sampling gaps for phylogenomic inferences of the early diversification of flowering plants. Journal of Systematics and Evolution. 60(4): 773-788.
13. Liu Y, Wang S, Li L, Yang T, Dong S, Wei T, Wu S, Liu Y, Gong Y, Feng X, Ma J, Chang G, Huang J, Yang Y, Wang H, Liu M, Xu Y, Liang H, Yu J, Cai Y, Zhang Z, Fan Y, Mu W, Sahu SK, Liu S, Lang X, Yang L, Li N, Habib S, Yang Y, Lindstrom AJ, Liang P, Goffinet B, Zaman S, Wegrzyn JL, Li D, Liu J, Cui J, Sonnenschein EC, Wang X, Ruan J, Xue JY, Shao ZQ, Song C, Fan G, Li Z, Zhang L, Liu J, Liu ZJ, Jiao Y, Wang XQ, Wu H, Wang E, Lisby M, Yang H, Wang J, Liu X, Xu X, Li N, Soltis PS, Van de Peer Y, Soltis DE, Gong X, Liu H, Zhang S. 2022. The Cycas genome and the early evolution of seed plants. Nature Plants. 8(4):389-401.
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15. Zhao T, Zwaenepoel A, Xue JY, Kao SM, Li Z, Schranz ME, Van de Peer Y*. 2021. Whole-genome microsynteny-based phylogeny of flowering plants. Nature Communications. 9;12(1):3498.
16. Chen F#, Su L# , Hu S , Xue JY, Liu H, Liu G, Jiang Y, Du J, Qiao Y, Fan Y, Liu H, Yang Q, Lu W, Shao ZQ, Zhang J, Zhang L, Chen F, Cheng ZM*. 2021. A chromosome-level genome assembly of rugged rose (Rosa rugosa) provides insights into its evolution, ecology, and floral characteristics. Horticulture Research. 8, 141.
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19. Zhang J#, Fu XX#, Li RQ#, Zhao X#, Liu Y#, Li MH#, Zwaenepoel A#, Ma H, Goffinet B, Guan YL, Xue JY, Liao YY, Wang QF, Wang QH, Wang JY, Zhang GQ, Wang ZW, Jia Y, Wang MZ, Dong SS, Yang JF, Jiao YN, Guo YL, Kong HZ, Lu AM, Zhang SZ*, Van de Peer Y*, Liu ZJ*Chen ZD*. 2020. The hornwort genome and early land plant evolution. Nature Plants. 6(2):107-118.
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专著:
1. Chen F & Xue JY, Eds. 2023. Genomic Analyses and New Breeding Technologies for the Enhancement of Horticultural Plants.
2. Shao ZQ, Xue JY, Takken FLW, Maekawa T, Nepal MP, Eds. 2020. Evolution and Functional Mechanisms of Plant Disease Resistance. Lausanne: Frontiers Media SA. doi: 10.3389/978-2-88966-199-2
3. Liu Y, Wang B, Li L, Qiu YL, Xue JY. 2012. Conservative and dynamic evolution of mitochondrial genomes in early land plants. In: Bock R, Knoop V, eds. Genomics of Chloroplasts and Mitochondria. Netherlands: Springer. p. 159-174.
发明专利：
1. 薛佳宇、周广灿、王元涛、张艳梅。抗癌、抗炎多肽Lunasin在哺乳动物细胞CHO-S中的表达、纯化方法。2020-3-31。中国。ZL201710417823.8
2. 周广灿、王宜磊、薛佳宇、李稳、陈晓、吴雨含。一种旱金莲调控芥酸合成基因及其应用。2020-06-30。中国。CN2019112017877
3. 薛佳宇、张艳梅、周广灿、雷照、石磊、吴婷婷、王智。6,7-二甲氧基-喹唑啉-4-胺衍生物、其制备方法及医药用途。2017-09-15。中国。ZL201510116327.x